Theo đó, quyết định 1161 của Cục Thuế (Bộ Tài chính) nêu rõ quy trình kiểm tra thuế, trong đó có những lưu ý đối với quy định kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp.

Về thời hạn kiểm tra thuế, không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết, có thể gia hạn 1 lần nhưng không quá 20 ngày. Thời hạn kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết không quá 40 ngày, trường hợp cần thiết, có thể gia hạn một lần nhưng không quá 40 ngày. Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì thời hạn kiểm tra thuế có thể kéo dài nhưng không quá 2 năm.

Trong quá trình kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra được quyền yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra thuế không có trên hệ thống cơ sở dữ liệu của ngành thuế.

Bên cạnh đó, khi đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra, nếu người nộp thuế thực hiện kế toán trên máy tính bằng phần mềm kế toán thì đoàn kiểm tra yêu cầu cung cấp sổ kế toán được lưu trữ trên các dữ liệu điện tử đọc được bằng các phần mềm văn phòng thông dụng, có nội dung như bản người nộp thuế đã in ra để lưu trữ theo quy định, mà không yêu cầu in ra giấy.

Trường hợp cần phải tạm giữ tài liệu liên quan đến hành vi trốn thuế, thì Trưởng đoàn kiểm tra thuế được quyền quyết định tạm giữ tài liệu liên quan đến hành vi trốn thuế hoặc báo cáo cấp lãnh đạo cao hơn về hành vi này.

Còn trường hợp người nộp thuế cung cấp hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán liên quan đến nghĩa vụ thuế quá thời hạn 6 giờ làm việc, kể từ khi nhận được yêu cầu của đoàn kiểm tra hoặc cung cấp không đầy đủ, chính xác về thông tin, liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế theo yêu cầu của đoàn kiểm tra trong thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, đoàn kiểm tra lập biên bản vi phạm hành chính và áp dụng xử phạt theo quy định.

Việc xử phạt vi phạm hành chính được thực hiện thông qua biên bản vi phạm hành chính và được lập theo quy định của pháp luật.

Trong quá trình kiểm tra thực tế tại trụ sở người nộp thuế, nếu xác định trường hợp phạm vi kiểm tra lớn, nội dung phức tạp hoặc xác định cần thiết phải gia hạn kiểm tra để xử lý nội dung vướng mắc có khả năng xảy ra khiếu nại thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo cấp trên để xem xét gia hạn kiểm tra.

Cơ quan thuế có thể kiểm tra từ xa, bằng dữ liệu điện tử

Quy định tại Thông tư số 89/2026 về kiểm tra thuế trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử. Cụ thể, áp dụng đối với kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế bằng phương thức điện tử thông qua cổng giao tiếp điện tử trên cơ sở Hệ thống thông tin quản lý thuế và các thông tin, dữ liệu của người nộp thuế cung cấp cho cơ quan thuế bằng phương thức điện tử.

Việc giải trình, trao đổi, thu thập thông tin, tài liệu, lập biên bản và ban hành văn bản, kết luận, quyết định xử lý trong quá trình kiểm tra được thực hiện bằng phương thức điện tử. Hồ sơ, tài liệu trong quá trình thực hiện kiểm tra được ký điện tử.

Khi kết thúc cuộc kiểm tra bằng phương thức điện tử, các văn bản, tài liệu, dữ liệu điện tử là căn cứ xử lý kết quả kiểm tra được lưu trữ hồ sơ điện tử. Cổng giao tiếp điện tử với người nộp thuế sẽ được đóng khi kết thúc kiểm tra.

Trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế bằng phương thức điện tử mà dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ để kết luận, cần xác minh thực tế, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế.