Từ ngày 06/11/2019 đến nay, Công ty cổ phần phát triển Thủy Long đã có hai lần nộp hồ sơ tại cơ quan đăng ký kinh doanh (cụ thể là tại Bộ phận tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả của Sở Kế hoạch và Đầu tư tại Trung tâm Phục vụ Hành chính công tỉnh Thái Bình). Việc tiếp nhận, xử lý hồ sơ được ghi nhận trong Cơ sở dữ liêu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp và được thừa nhận theo Đơn kiến nghị của Công ty cổ phần phát triển Thủy Long: (1) Lần thứ nhất - hồ sơ thay đổi nộp ngày 06/11/2019; Phòng đăng ký kinh doanh hoàn trả do hồ sơ không hợp lệ, ngay 11/11/2019; (2) Lần thứ hai - hồ sơ thay đổi nộp ngày 12/11/2019; Phòng đăng ký kinh doanh hoàn trả do hồ sơ không hợp lệ, ngày 14/11/2Ọ19.
Như vậy, hai hồ sơ đều được Phòng Đăng ký kinh doanh giải quyết đúng thời hạn theo quy định là trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ.
Sau ngày 15/11/2019, Công ty chưa nộp lại hồ sơ (và chưa nhận thông báo sửa đổi, bổ sung hồ sơ đăng ký doanh nghiệp số 4393/TB-ĐKKD ngày 14/11/2019 tại Trung tâm phục vụ hành chính công), do đó Phòng Đăng ký kinh doanh không có cơ sở để giải quyết thủ tục hành chính.
Việc doanh nghiệp cho rằng thủ tục hành chính đã hợp lệ và không nhận thông báo sửa đổi, bổ sung hồ sơ đăng ký doanh nghiệp; từ đó phản ảnh phòng Đăng ký kinh doanh chậm cấp thay đổi nội dung đăng ký kinh doanh - là không đúng thực tế.
Ngày 06/11/2019, Phòng Đăng ký kinh doanh tiếp nhận hồ sơ thông báo về việc thay đổi người đại diện theo pháp luật của Công ty cổ phần phát triển Thuỷ Long (lần 1).
Trước thời điểm nêu trên, Phòng Đăng ký kinh doanh nhận được các văn bản, thông tin thể hiện tranh chấp nội bộ của Doanh nghiệp. Cụ thể:
Các nhóm cổ đông trên đều gửi văn bản đến Phòng Đăng ký kinh doanh thông báo sự phản đối, không chấp nhận việc họp và nội dung được thông qua của nhóm đối diện. Đồng thời, Nhóm cổ đông ông Phạm Văn Thắng và Lại Thị Xoa đề nghị phòng Phòng Đăng ký kinh doanh không thực hiện thủ tục thay đổi đăng ký doanh nghiệp do bà Nguyễn Thị Ngọc Anh nộp.
Như vậy, Công ty cổ phần phát triển Thủy Long đang tồn tại hai Hội đồng quản trị và giám đốc công ty - trái với quy định của Luật doanh nghiệp về cơ cấu tổ chức công ty cổ phần.
Việc thay đổi người đại diện theo pháp luật (giám đốc công ty) thuộc thẩm quyền của Hội đồng quản trị mà thành viên phải được kê khai trong hồ sơ đăng ký doanh nghiệp. Do đó, việc phòng Đăng ký kinh doanh chấp thuận hồ sơ hợp lệ và thực hiện việc thay đổi người đại diện theo pháp luật cho bất kỳ hội đồng quản trị nào là không phù hợp với quy định của pháp luật. Bởi lẽ, trong trường hợp trên, để thực hiện thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp, phải xác định tính hợp pháp của Hội đồng quản trị hiện có của Công ty cổ phần phát triển Thủy Long. Đây là tranh chấp nội bộ doanh nghiệp nên nội dung này thuộc thẩm quyền của Toà án, theo trình tự, thủ tục tố tụng dân sự.
Nhận thấy mức độ phức tạp của vụ việc, ngày 08/11/2019, Phòng Đăng ký kinh doanh-đã có công văn số 4321/ĐKKD xin ý kiến của Cục quản lý đăng ký kinh doanh, Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Tuy nhiên, văn bản trả lời của Bộ Kế hoạch và Đầu tư (Công văn phản hồi số 955/BKHĐT-ĐKKD ngày 18/02/2020) chỉ viện dẫn quy định của Luật Doanh nghiệp và Nghị định hướng dẫn thi hành, không có hướng dân cụ thể cho việc áp dụng để giải quyết vụ việc.
Trước nội dung nêu trên, để có cơ sở đảm bảo hồ sơ hợp lệ theo quy định phải có quyết định của Toà án có thẩm quyền về giải quyết tranh chấp nêu trên. Phòng Đăng ký kình doanh căn cứ phán quyết của Toà án để thực hiện thù tục thay đổi người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp.